El United se cambió de uniforme y marcó un gol en la segunda mitad. Aquel partido de vuelta estuvo marcado por las lesiones, ya que varios titulares del Athletic no pudieron jugar por lesión y, por si fuera poco, el guardameta rojiblanco Carmelo tuvo que jugar lesionado la mitad del partido, ya que por aquella época no existían los cambios. Sin embargo esta situación no se alargó demasiado, ya que a partir de noviembre el equipo fue recuperando la forma del año anterior y en diciembre encarriló una buena racha de victorias, que duró hasta febrero, y que devolvieron al equipo a la primera mitad de la clasificación. En su primer año como entrenador, Zebec llevó al Bayern a ganar la liga y la copa por primera vez en la historia del club. En 1963 no solo habían perdido el campeonato, sino que las Oberligas en Alemania fueron consolidadas en una liga nacional: la Bundesliga. Empezaba a brillar por esa época una nueva estrella rojiblanca que daría muchas alegrías al Athletic. Bayern llegó a la final como una completa sorpresa tras dejar en el camino a clubes como el Tatran Prešov de Checoslovaquia, Shamrock Rovers de Irlanda, Rapid de Viena de Austria, y Standard de Lieja de Bélgica.
Sin embargo, en vez de añadirse los números a los uniformes existentes de los clubes, se hicieron dos equipamientos especiales para la final, uno blanco y otro rojo y fueron sorteados con una moneda entre los dos clubes. Además posee rivalidad con los clubes Independiente Petrolero y Universitario, ambos de la ciudad y capital del país, Sucre, cuyos partidos entre sí son referidos como el Clásico del Sur de Bolivia. Gerd Müller conseguiría de nuevo el premio como máximo goleador, pero esta vez no solo sería el goleador de la copa, sino de toda Europa. Llegó el día de la final de la Europa League. El centenario del Deportivo hace referencia al conjunto de actos celebrados a lo largo de 2006 para celebrar el siglo de historia del Real Club Deportivo de La Coruña, cien años que se cumplen exactamente el día 8 de diciembre de ese año. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. El 6 de junio de 1964, en el primer partido de la ronda de promoción ante el San Pauli, el Bayern salió airoso ganando 4:0. Fue el primer partido oficial de Franz Beckenbauer, quien para el momento contaba con 18 años de edad, y además su primer partido con el Bayern logró su primer gol.
En la Copa de Campeones de Europa 1973-74, el Bayern logró avanzar a los octavos de final tras vencer en la tanda de penales al Åtvidabergs de Suecia. Esa misma temporada consiguieron ganar la final de la Copa de Alemania derrotando al Meidericher 4:2. Esto lo clasificó para la Recopa de Europa del año siguiente. Al año siguiente Conny Heidkamp pasa a ser jugador-entrenador para afrontar la ronda final del campeonato alemán. Müller posteriormente fue determinante en la consecución del campeonato y el posterior ascenso a la Bundesliga. En 1949, alcanzó de nuevo la fase de clasificación para el campeonato alemán al llegar en tercer lugar en la tabla de la liga. Los «once potros» ganaron la liga en 1970 y 1971, relegando dos veces al Bayern a la segunda plaza. Esto llevó a que el posteriormente conocido «bombardero de la nación» se adhiriera a la lucrativa oferta presentada por el Bayern. Vence el Depor por un tanto a cero, gol obra del Turu Flores, un resultado que alejaba a los coruñeses a 8 puntos del segundo clasificado, el Celta.
La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última jornada, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, el Colonia. Con 91 puntos consiguió el récord de puntos de la historia de la Segunda División y con 29 victorias el récord de victorias de dicha categoría, además de 9 victorias consecutivas, hecho que también pasará a la historia como la mayor racha de victorias consecutivas de la historia de la categoría. Macua tenía como misión sacar al equipo de la crisis en la que había estado inmerso en los últimos dos años. La final sería en el Frankenstadion, de la ciudad de Núremberg, lugar donde 35 años antes el Bayern había conseguido ganar el primer título importante para el club. Copa de Europa» por marcar en los partidos importantes, abrió el marcador en la prórroga a los 108′, dándole el primer título internacional al Bayern. En el resurgimiento, el Bayern no quería tomar parte en la copa originalmente. En Stuttgart, 68 000 espectadores vieron el nuevo triunfo del Bayern 4:0 ante el Hamburgo de Uwe Seeler, con goles de Müller (2), Ohlhauser y Brenninger.