En 1944 logran el campeonato alemán del sur y el club se clasificó para la ronda final en el campeonato alemán. El Bayern terminó la temporada en la tercera posición de la tabla detrás del Núremberg y el 1860 Múnich. En los años siguientes el Bayern no pudo seguir defendiendo el título nacional, pero en cambio, llegó a clasificarse en la mitad de la tabla de su liga regional. En 1949, alcanzó de nuevo la fase de clasificación para el campeonato alemán al llegar en tercer lugar en la tabla de la liga. Conquistaron esta liga en su primera temporada, pero no lo hicieron otra vez hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1916, la cual detuvo todas las competiciones de fútbol en Alemania. En 1907 bajo la presidencia de Angelo Knorr, renuncian a la instalación deportiva de Karl-Theodor-Straße y pasan al campo de fútbol de Leopoldstraße, camiseta atletico de madrid 2023 inaugurando así la primera tribuna en un campo de fútbol en la ciudad de Múnich. Centro de Dependientes del Comercio y de la Industria dirigida por Juan José Santa Cruz en la que se eligió la primera directiva, presidida por Juan Yanes Rodríguez. Le fue otorgada la insignia de oro y brillantes del club, al que según decía, amaba con locura.
En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. El número de miembros de la asociación mostró un desarrollo positivo en los años de posguerra. Pronto, el Bayern volvió a conseguir más de 1000 miembros. El Bayern es también célebre por su organizada escena. El Bayern se estableció como uno de los grandes clubes de Alemania -tanto así que Wilhelm Simetsreiter, Ludwig Goldbrunner, y Herbert Moll habían representado al equipo nacional de Alemania en los Juegos Olímpicos de 1936 en Berlín-. A medida que la guerra avanzaba, la Gauliga era más regionalizada para evitar que los clubes tuvieran que trasladarse a grandes distancias. Poco antes del final de la guerra jugaron en el Gauliga Múnich/Alta Baviera. En 1910 pudieron participar por primera vez en la ronda final del campeonato del Sur de Alemania («Süddeutschen»). En la temporada 1962-63 el club participó por primera vez en un torneo internacional de prestigio; la Copa de Ferias.
Por otro lado, en la Copa del Rey llegó hasta los octavos de final, donde cayó por un global de 0-4 ante el Mallorca. El nuevo entrenador Hans Tauchert no fue capaz de repetir los viejos éxitos del club y en 1934 fue reemplazado por Ludwig Hofmann. Después de la «Machtergreifung» -toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler-, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía, mientras que el entrenador Richard Kohn «Dombi», -también de origen judío- tuvo que trasladarse a Suiza. », la cual se ha vuelto muy popular entre los seguidores del club. Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. Al final, camisetas futbol el Bayern tomó el segundo lugar detrás del Karlsruher FV. En el día de la final, 55 000 espectadores vieron el partido en el estadio. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf.