La asamblea de socios, en plena crisis económica y financiera del club, provocó la dimisión del presidente José Ramos Costa y las elecciones en febrero dieron la presidencia a Vicente Tormo. Vicente Tormo a deshacerse de grandes jugadores y a nutrirse de canteranos (estaban Arias, Subirats, Saura, Tendillo, Roberto, Fernando o Revert) y de fichajes modestos como el uruguayo Wilmar Cabrera (para el que se hizo un esfuerzo económico), Arroyo o Quique. El holandés Guus Hiddink se hizo cargo del equipo en la 1991/92 y mejoró notablemente el juego con fichajes como los de Leonardo y Rommel Fernández. La temporada 1992/93 el equipo de Guus Hiddink repitió el 4.º puesto y su clasificación europea, pero quedó la sensación de que habiéndolo hecho mejor frente a los grandes se hubiera podido luchar por algo más. El regreso a Europa estuvo marcado por polémicos arbitrajes tanto en la ida como en la vuelta de la segunda ronda de la Copa de la UEFA frente al Oporto, quedando eliminados con un estadio volcado. En la Copa de la UEFA se sufrió muchísimo para eliminar en la prórroga al engorroso Iraklis griego, y en la segunda ronda el rival fue la potente AS Roma, con un polémico partido de ida en el Luis Casanova donde anularon dos goles legales al Valencia.
El pesimismo planeaba entre la afición, pero la victoria llegó finalmente en la cuarta jornada y se encadenaron 15 jornadas consecutivas sin perder. Ya en la última jornada el equipo jugó en Las Gaunas y presenciaba el histórico primer ascenso del CD Logroñés a Primera al caer 1-0 frente a los riojanos, ascendiendo así ambos clubes (junto al Celta) y quedando hermanadas para siempre las aficiones valencianista y riojana. La campaña fue tremendamente irregular, llegando a ser 18.º en la 10.ª jornada y 4.º en la 26.ª jornada. La irregular campaña terminó con un 5.º puesto que clasificaba al equipo para Europa, aunque en enero dimitió el técnico Pasieguito dando paso a Manolo Mestre en su segunda etapa entrenando al equipo. En el lado opuesto, los únicos equipos que muestran un nivel de capitalización adecuado son el Real Madrid Club de Fútbol, el Sevilla Fútbol Club y el Villarreal Club de Fútbol, puesto que sus fondos propios suponen cerca del 40% de la estructura financiera por lo que en los próximos ejercicios podrían plantearse incrementar su nivel de endeudamiento para intentar favorecer su rentabilidad financiera.
Tras la contratación de Mateu Alemany como director general y la de una secretaría técnica con mayor peso con Alexanko y Vicente Rodríguez, el club anunció el fin de Lay Hoon como presidenta del club. Los únicos refuerzos fueron el uruguayo Bossio y el máximo goleador de la temporada anterior en Segunda, el castellonense Alcañiz, que completaban a los canteranos que siguieron en el club a pesar del descenso como Arias, Subirats, Voro, Fernando, Revert, Giner, Sixto o Fenoll, y jóvenes como Quique, Arroyo o Jon García. Milagrosamente se dieron las tres derrotas y el Valencia ganó 1-0 al Real Madrid C. F. con el mítico y agónico gol de Tendillo que salvaba a los valencianistas y daba la Liga al Athletic Club. La campaña 1989/90 demostró que la anterior no fue casualidad. En su segunda temporada, el conjunto de Mauricio Pochettino tuvo una gran mejora obteniendo el tercer lugar al finalizar la campaña. Una plaga de lesiones hizo debutar a un joven Camarasa. Sus lugares los ocuparon modestas incorporaciones y canteranos como un joven Fernando Gómez. Los goles se los seguían repartiendo mayoritariamente entre Penev y Fernando.