Compitió en Primera División hasta 2012, año en que pierde la categoría por primera vez. Tras igualar en el primer partido, cayó derrotado en el segundo encuentro, camiseta del atletico de madrid perdiendo la categoría por segunda vez. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. En 2020 compitió en Primera B. Tras la suspensión del torneo original debido a la pandemia, segunda equipacion atletico de madrid 2023 disputó el torneo transición donde superó la fase inicial.
