Celta de Vigo y el Córdoba C.F., quienes arreglaron un empate entre ambos, evitó que el Almería pudiese acceder a los playoffs, mientras que supuso el ascenso directo a Primera División por parte del R.C. La temporada 99/00 comenzó poco después de que el Deportivo perdiese ante el Celta de Vigo en el Trofeo Teresa Herrera. Celta de Vigo y la clasificación para los playoffs de ascenso por parte del Córdoba C.F. Sin embargo, el equipo entraría en una fase irregular y, tras caer hasta el quinto puesto al encadenar 6 jornadas sin ganar, el técnico granadino fue destituido la noche del 3 de abril de 2012 tras ver peligrar el consejo del club el objetivo del ascenso a Primera División. Terminó el equipo almeriense la primera vuelta en tercera posición y con 38 puntos cosechados, sin embargo, la segunda vuelta fue algo más irregular y, como en la temporada anterior, en la fase final el equipo se mostró menos sólido y llegó a caer hasta la 5.ª posición apenas 5 partidos antes del final de liga. El expresidente Alfonso García decide dar continuidad al proyecto del año anterior, un proyecto que ya había demostrado claras flaquezas y debilidades.
Esta decisión es ampliamente protestada y criticada por la afición almeriensista, que muestra su descontento con el expresidentne Alfonso García en los encuentros posteriores al cese del técnico almeriense, mostrándose incluso pancarta de apoyo al entrenador desde el sector de Grada Joven. Para la siguiente temporada, la 2017-18, se decide dar continuidad a Ramis, aunque nuevamente, la falta de paciencia del expresidente Alfonso García le llevaría a su destitución en la jornada 14. El entrenador del filial, Fran Fernández se vuelve a hacer cargo, de manera interina, del equipo indálico, lo hace durante un único encuentro, en el cual se logra una victoria contundente frente al Real Zaragoza por 3 goles a 0. Tras aquel partido, Lucas Alcaraz es nombrado nuevo entrenador del equipo rojiblanco, la cual sería su tercera etapa en el Almería tras las temporadas 1998-99 y 2011-12. Tras este tercer paso por el club almeriense, el equipo continúa sin mostrar signos de mejoría, tras lo cual, el expresidente Alfonso García decide destituir al técnico granadino.
Joan Carrillo permanece al mando del conjunto almeriensista durante 10 partidos en los que no consigue ninguna victoria, tras lo cual es destituido, haciéndose cargo del equipo Miguel Rivera de manera interina hasta la llegada del nuevo entrenador; Néstor Gorosito, un viejo pretendido por el expresidente Alfonso García que no terminó en la U.D. El hasta aquel momento jugador de la U.D. En el momento de la compra, Turki Al-Sheikh se hizo con el 96% de las acciones de la U.D. El arranque de temporada del equipo es sobresaliente y se logra alcanzar el liderato en la jornada 7, siendo el único equipo de la categoría sin perder ningún encuentro en todas las jornadas disputadas hasta ese momento. Así se llegó a la última jornada de Liga, con el Dépor líder, con un punto de diferencia sobre el Barcelona. Este hecho lleva al equipo rojiblanco a no lograr la victoria durante las primeras 10 jornadas de liga, sin embargo, Francisco Rodríguez es capaz de enderezar la situación y finalmente logra la permanencia más épica de la historia del club, siendo calificada por algunos medios de comunicación como «salvación milagrosa». Aunque en Liga, donde los coruñeses seguían de líderes, no se acababa de dar un golpe encima de la mesa.
Ramis logra situar al equipo en números de playoff, aunque desafortunadamente teniendo que salvarse de nuevo del descenso a Segunda B en la última jornada en casa frente al CF Reus por la acumulación de malos resultados antes de su llegada. Almería a segunda división en la última jornada frente al Valencia C.F.. En la jornada 14.ª, tras la derrota por 5 goles a 2 frente a la S.D. Almería disputó su pretemporada veraniega en el país asiático, en concreto se trató de una gira de 12 días, entre el 28 de julio y el 8 de agosto de 2014. Durante esta gira disputó dos partidos, uno en Bangkok frente al equipo de procedencia de Teerasil, el Muangthong Unitedy y otro en la Isla de Phuket frente al Phuket F.C. ↑ Herrera, equipacion atletico de madrid 2022 Ricardo (22 de agosto de 2012). «Miguel Concepción: “La Virgen nos ayudará”». El 2 de agosto de 2019 se hace oficial la compra del club por parte del ministro árabe Turki Al-Sheikh por 20 millones de euros, pasando a ser el máximo accionista, dueño y presidente del club indálico. Turki Al-Sheikh nombró al egipcio Mohamed El Assy como director general y director deportivo de la U.D.