No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot). Por fin la fortuna estuvo del lado valencianista tras tres años perdiendo finales en Copa. Al finalizar esta temporada el equipo disputó la primera Copa Eva Duarte, campeonato precursor de la actual Supercopa, organizada por la RFEF y que enfrentaba a los campeones de Liga y Copa de la temporada anterior. Finalmente el equipo quedó en un insuficiente 7.º puesto en esta loca temporada, fuera de las posiciones europeas, y, como anécdota, en la última jornada el Valencia se convirtió en protagonista al empatar 0-0 en Riazor ante un Deportivo de La Coruña que podía proclamarse por primera vez en su historia campeón de Liga, pero un penalti detenido por González a Djukic hizo que el título fuese para el Barcelona.
El 12 de octubre de 1949 el equipo disputó y ganó la Copa Eva Duarte de 1949 en el Metropolitano por 4-7 al vigente campeón de liga, el Barcelona. A punto estuvo el club de conseguir un histórico doblete porque alcanzó la final de Copa pero cayó derrotado por el Atlético de Bilbao en Montjuic. El rival fue otra vez el Atlético de Bilbao y se ganó 1-0 con gol de Epi, que jugaba su último partido oficial como valencianista tras nueve temporadas y quería regresar a retirarse a su antiguo club, la Real Sociedad. Los héroes causantes de muchas de las alegrías de esta época fueron los integrantes de la mítica Delantera Eléctrica valencianista formada por Epi, Amadeo, Mundo, Asensi y Gorostiza, delantera que aún hoy recitan de carrerilla todos los valencianistas aunque no hayan vivido aquellos años. Tras la Guerra Civil el Estadio de Mestalla fue uno de los más dañados, pero rápidamente se acondicionó para la práctica del fútbol, y el hasta entonces Valencia Foot-ball Club se renombró oficialmente como Valencia Club de Fútbol y comenzó la época más brillante de la historia del club a nivel de títulos, todos ellos bajo la histórica presidencia de Luis Casanova que duró casi veinte años, con un total de 7 títulos y 7 subcampeonatos.
En septiembre de ese mismo año 1944 nace el CD Mestalla, equipo filial del club que tendría un veloz crecimiento, ya que solo ocho años después, en 1952, fue el primer equipo filial del fútbol español en conseguir un ascenso a Primera, aunque tanto el presidente del club (Luis Casanova) como el presidente del equipo filial (Federico Blasco) renunciaron voluntariamente al ascenso por no competir contra el equipo matriz. En marzo de 1959 se inauguraba la iluminación eléctrica de Mestalla, pero con el final de esta década terminaba un ciclo en el valencianismo con la marca del legendario Puchades a los 32 años tras 12 temporadas en el club, nueva camiseta atletico de madrid y con la dimisión del presidente Luis Casanova tras una presidencia de casi 19 años y siendo el presidente que más títulos ha celebrado y partícipe en la remodelación del estadio. Esta temporada debutó además un joven de 21 años que sería una leyenda del club, Antonio Puchades, hermano de un periodista llamado Carles Pla Puchades. En la temporada siguiente el Bayern se mantuvo una vez más en el segundo lugar detrás del Borussia Mönchengladbach.
Había nacido el Súper Dépor, así se le llamó, un equipo entrenado por Arsenio Iglesias, que con su característico 1-5-3-2 disponía puntales en cada línea: Paco Liaño en la portería, Djukic en la defensa, Mauro Silva y Fran en el medio del campo y Bebeto en la delantera. En la temporada 1947-48 el equipo fue líder casi toda la segunda vuelta pero justo al final dejó escapar el campeonato perdiendo en la penúltima jornada frente al Barcelona en Mestalla, y luego los resultados en la última jornada no le fueron favorables. El primer derbi gallego en Liga se disputó en feudo vigués el 19 de octubre de 1941 (4.ª jornada de Liga), saliendo vencedores los vigueses por 2 goles a 1. Agustín para el Celta de Vigo por partida doble y Chacho fueron los goleadores. Tanto fue así que el delantero valenciano Ricardo Alós lograba el trofeo Pichichi con 19 goles (empatado con Badenes y Di Stéfano) y Goyo el trofeo Zamora. Además a nivel individual, el delantero Mundo fue el ganador del Trofeo Pichichi con 27 goles y el portero Eizaguirre ganó el Trofeo Zamora, siendo ambos los primeros valencianistas en conseguirlo. Finalmente la policía aplacó los ánimos de los ultras y el partido pudo retomarse tras 20 minutos de incertidumbre, por la posible suspensión del mismo.