Ese mismo año Banfield contrató a Patricio Hernández como entrenador del club, atletico de madrid camiseta pero el equipo no pudo lograr buenos resultados bajo su dirección. Los primeros años en la máxima división del fútbol argentino, el club estuvo frecuentemente en zona de descenso, aunque logró algunos resultados históricos como el 5-0 sobre River Plate en el Apertura 2002. El uruguayo Luis Garisto fue el entrenador del club durante ese período. En el año 2001, Banfield regresa a Primera División, con el creador de juego e ídolo José Luis Sánchez como su jugador más destacado.
