Gracias a las victorias contra el Panionios griego en Intertoto (1:0 en Atenas y en Nápoles) y frente a los albaneses del Vllaznia en la segunda fase clasificatoria de la Copa de la UEFA (3:0 de visitante, 5:0 de local), el conjunto partenopeo pasó a la Primera ronda de esta competición, donde fue eliminado por el Benfica (3:2 de local, 0:2 en Lisboa). La temporada siguiente comenzó con la Ronda de play-off de la Europa League, que opuso el Napoli con el Elfsborg sueco: los partenopeos pasaron la ronda con dos victorias (1:0 en Nápoles y 0:2 en Borås). 1991 fue el último año de Maradona en Nápoles. Tanto en Nápoles como en Génova se festejó la promoción a la máxima categoría del fútbol italiano. La temporada 1999/00 el club logró el ascenso a la Serie A, donde solo se quedó un año: en junio de 2001 regresó a la categoría de plata. El equipo dirigido por Sandoval volvería a jugar la máxima categoría del fútbol español 8 años después, siendo el sexto ascenso de su historia a la Primera División y tras llevar la plantilla a varios meses sin cobrar.
La temporada 2001/02 en la Serie B llegó a la quinta posición, que no es suficiente para subir y dejar la serie cadetta; el 2002/03 fue aún peor, ya que evitó el descenso a la Serie C1 (tercera división) solo en el último partido. La falta de medios económicos no permitió la formación de un equipo adecuado, lo que provocó en la temporada 1990/91 el descenso a la Segunda División B. Tres temporada después, en la 1993/94, el equipo alcanza sin éxito la promoción de ascenso. En su regreso a la máxima categoría, encadenó una serie de malos resultados que provocaron el cese de Míchel y el regreso de Jémez en marzo de 2019, bajo cuya dirección se produjo un nuevo descenso a Segunda División al finalizar los madrileños en el último puesto de la clasificación. El 23 de mayo de 2006 se volvió a la denominación de Società Sportiva Calcio Napoli, para celebrar la promoción a la Segunda División y los ochenta años desde la fundación del equipo. ↑ Agencia EFE (3 de mayo de 2014). «Tres heridos por disparos antes de la final de la Copa de Italia». ↑ «Fallece José Antonio Plasencia, expresidente del CD Tenerife». José Callejón, Raúl Albiol o Pepe Reina, y el ex madridista Gonzalo Higuaín.
Pero en esa instancia, los azzurri fueron eliminados por el Parma: habían ganado 1:0 de local pero de visitante perdieron 3:1. El Napoli comenzó la temporada con una contundente victoria por 4:2 contra el Treviso y durante todo el comienzo del campeonato se mantuvo entre los dos primeros lugares con la Juventus, descendida a la segunda división italiana por el escándalo «Calciopoli». En Liga los de Arsenio Iglesias caminaban con paso firme en casa (destaca un 4-0 ante el Real Madrid) y sacando alguna que otra victoria a domicilio. Después de un empate por 2:2 en remontada contra el Milan en el San Paolo, el Napoli venció 3:2 contra la Juventus, 21 años después de la última victoria azul en Turín. En la Copa Italia el Napoli se coronó campeón por cuarta vez en su historia, batiendo en la final a la hasta entonces invicta Juventus, ganadora del scudetto, por 2:0, con goles de Cavani y Hamšík.
El debut en la liga fue en el Estadio Artemio Franchi ante la Fiorentina: Edinson Cavani marcó su primer gol con la camiseta azzurra en la Serie A. En Europa League el Napoli fue el único conjunto italiano en pasar la fase de grupos, pero fue eliminado en los dieciseisavos de final por el Villarreal (el resultado global fue de 1:2). El 15 de mayo de 2011, gracias al empate de 1:1 contra el Inter de Milán, el club obtuvo el tercer lugar en la Serie A 2010/11 con 70 puntos, con lo que aseguró su participación en la Liga de Campeones 2011-12, por primera vez después de 21 años. La nueva gestión técnica tuvo un debut exitoso ante el Bolonia; en la fecha siguiente los azzurri ganaron contra la Fiorentina en el Estadio Artemio Franchi, rompiendo un ayuno de victorias de visitante de un año exacto. Los azzurri finalizaron el campeonato en segundo lugar con 79 puntos, con 6 menos que la Juventus y con uno más que el Genoa. En la última fecha, aunque solo debían empatar para quedarse con el título, los azzurri vencieron por 1:0 a la Lazio, consiguiendo el scudetto.
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