Este descenso, sin embargo, no se consumaría. Aunque volvió a ser subcampeón regional las temporadas 1928/29, 1930/31 y 1933/34, en Liga su desempeño fue más deficiente, convirtiéndose en el primer equipo de la historia en descender a Segunda División (en la primera edición de la Primera División no hubo descensos) al perder en la última jornada frente al Arenas, lo que unido a una remontada del Europa en los minutos finales de su partido frente al Real Unión supuso que finalizara en última posición la temporada 1929/30. Los aficionados del Real Madrid se mofaron cruelmente de este descenso pagando de su bolsillo una esquela, publicada en varios medios nacionales, certificando la «defunción» de su máximo rival. Según los reportes, el Atlético quiere que el Barcelona reduzca el costo del su traspaso, aunque ninguno de los dos clubes respondió a The Associated Press cuando se les preguntó sobre posibles negociaciones. Coincidiendo con el cambio de denominación a Tenerife Atlético en 1968, volvió al pantalón azul y la camiseta blanca, aunque se llegaron a plantear los colores azul y rojo, sobre lo que Juan Arencibia de Torres comenta en su libro 75 Aniversario del CD Tenerife: «¿Qué se pretende? Como había sucedido tras la extinción de otros clubes madrileños en el pasado, los aficionados del recién extinto club rojinegro, de marcado carácter antimadridista, aprovecharon la reconstrucción que experimentaba el Athletic de Madrid para incorporarse masivamente como nuevos socios rojiblancos.
Respecto de estos nuevos socios es preciso recalcar que en aquel mismo año 1931 desapareció el último gran club madrileño campeón de la era amateur, que sobrevivía junto a blancos y rojiblancos como tercer club en aficionados de la capital: el Racing Club de Madrid. Fue así como, reunidos esos socios nuevos y viejos, inyectaron de su propio bolsillo una importante suma de dinero que permitió la supervivencia del club, comenzando gracias a ese desembolso a cuenta perdida la «resurrección» del Athletic madrileño. Pentland y tras instaurarse aquella temporada una modificación de la categoría que también concedía el ascenso al subcampeón; un puesto que volvieron a ocupar los rojiblancos, esta vez a tres puntos del Sevilla. El Deportivo fue el encargado de abrir el torneo ante el Club Español de Madrid, equipo ya desaparecido, pero que entonces disputaba el predominio capitalino al Real Madrid y al Atlético de Madrid. Deportivamente, y coincidiendo con el inicio de la nueva competición liguera, el equipo se vio fuertemente debilitado al fichar el Real Madrid Foot-Ball Club a Monchín Triana en 1928 y a Luis Olaso y Cosme Vázquez en 1929, aprovechando «los merengues» la creciente inestabilidad generada durante la presidencia de Urquijo.
Ya iniciada la nueva década y en Arabia Saudita, tras una épica remontada, los rojiblancos eliminaron al F. C. Barcelona (2-3) en semifinales de la Supercopa y disputaron el título en un nuevo derbi, cayendo en la tanda de penaltis. Concluido el conflicto bélico, dada la destrucción del estadio del Real Oviedo (que solicitaría una moratoria de un año para reconstruirlo y volver a competir en Primera), se decidió que su plaza se la disputaran el equipo madrileño y el Osasuna (que había sido el último clasificado de aquella temporada 1935/36). A tal fin, jugaron ambos un partido en el Estadio de Mestalla, el 26 de noviembre de 1939 con victoria de los rojiblancos por tres goles a uno, nueva camiseta atletico de madrid que cambiaría radicalmente el destino del Club. Inició la competición con victoria en la jornada 1 frente al Real Oviedo en Riazor por 3-2 con Anquela a los mandos, sin embargo en un clima de guerra social que se trasladó al terreno de juego, el Depor encadenó la peor racha de resultados de su historia con 19 partidos seguidos sin conocer la victoria hasta que venció en la jornada 21 al Tenerife en Riazor por 2-1 con gol en el último minuto de Peru Nolaskoain.