Guardiola culmina con la conquista de la Copa de Alemania 2015-16, venciendo en la tanda de penaltis al Borussia Dortmund, logrando así otro doblete. En las semifinales Liga de Campeones de la UEFA 2015-16, el club cayó derrotado -por tercera vez consecutiva en esa instancia y nuevamente ante un equipo español- al saldar una derrota 0:1 y una victoria 2:1 ante el Atlético de Madrid -logrando estos últimos el pase a la final por el gol de visitante-. En la Liga de Campeones de la UEFA el club fue eliminado por el Liverpool en los octavos de final, siendo la primera vez desde 2011 que el Bayern no llegaba a la instancia de cuartos de final. Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, al perder las finales de Copa -5:2 ante el Borussia Dortmund- y Liga de Campeones -por penaltis-. En la Copa de Alemania 2016-17 cayeron en semifinales ante el Borussia Dortmund. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.
El equipo también conquistó la Copa de Alemania el 15 de mayo, consiguiendo así el doblete. Después de un segundo lugar en 1990-91, el club solo obtuvo cinco puntos más que los clubes descendidos en 1991-92. En la temporada de 1992-93, el Bayern perdió en la Copa de la UEFA en la segunda ronda contra el Norwich City -único club inglés que le ha derrotado en su antiguo estadio, el estadio Olímpico de Múnich-. El club siguió con su buen andar en liga y alcanzó su octavo título consecutivo, así como también la copa nacional, siendo el decimotercer doblete en la historia del club. Jupp Heynckes fue contratado como entrenador en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió. El 6 de octubre la directiva del club confirmó el regreso de Jupp Heynckes hasta el final de temporada iniciando así su cuarta etapa como entrenador del Bayern. El anterior entrenador Jupp Heynckes volvió a ser nombrado de forma interina hasta el fin de la temporada. Un día después, Willy Sagnol -quien para el momento se desempeñaba como segundo entrenador- asumió las riendas del club de forma interina. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood».
Para la temporada de 2007-08, el Bayern hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. También, el equipo consiguió diez victorias en los primeros diez partidos de liga para registrar otro récord. En marzo de 2019, el club anunció el fichaje de Lucas Hernández del Atlético de Madrid por una tarifa récord tanto del club como de la liga por € 80 millones. Al final de dicha temporada, el capitán Philipp Lahm, Xabi Alonso y Tom Starke ponían fin a sus carreras como jugadores. Igualmente el Bayern se convirtió en el primer y único club de las cinco principales ligas de Europa en conseguir dicha hazaña. En el choque de cuartos de final contra el Manchester United, el Bayern logró un resultado similar a sus encuentros contra Fiorentina, empatando 4:4 y progresando para las semifinales de la Liga de Campeones por la misma regla del gol de visitante. No obstante cerca de finalizar el partido lograron vencerlos con marcador de 2:1. El 22 de septiembre, Robert Lewandowski fue autor de los cinco goles con los que el Bayern derrotó al Wolfsburgo en un partido válido por la liga. El emblema del club combina la bandera de Tenerife y el escudo de Santa Cruz de Tenerife en una figura de cinco puntas rematada con ribetes dorados, a la vez que las siglas («CDT»), del mismo color, se encuentran repartidas en los márgenes.
El escudo del Bayern se ha modificado varias veces a lo largo de su fundación. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga. De esta manera, el conjunto muniqués se clasificaba para jugar la final de la Liga de Campeones 2011-12 que se diputaba su estadio, el Allianz Arena ante el Chelsea. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. El salón de la fama del club lo conforma una lista oficial de 16 jugadores escogidos por el Bayern para honrar a los jugadores emblemáticos del club. El 3 de agosto se hace oficial su sustituto, Antonio Fernández Monterrubio. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro -dichos colores eran los del Münchner Sportclub-. Borde. El escudo se encuentra bordeado por anillos de color azul y blanco.